Le choeur est le troisième édifice gothique en France, avec Saint-Denis et Sens. C'est le premier en Bourgogne. Il a 22 métres de haut, 26,60 m de long et 10,65 m de large. Sur le déambulatoire, se trouvent 4 chapelles carrées et 5 chapelles semi-circulaires avec une forêt de 144 colonnettes.
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L'architecte a probablement pris la basilique de Saint-Denis comme modèle. On retrouve l'élévation à trois étages. A l'étage intermédiaire, s'ouvre une galerie ou triforium. La lumière entre largement par les fenêtres hautes. Sur les colonnes, on peut voir des restes de peintures.
